Modélisation des Systèmes Biologiques (MSB)

Synthèse activités


Les activités de notre équipe vont de la modélisation de données médicales et biologiques jusqu’à la physique théorique (physique mathématique dans le domaine des systèmes intégrables et physique statistique).et nos compétences vont de l’analyse d’image et de la modélisation simple aux simulations stochastiques intensives et aux développements analytiques poussés.
L’idée directrice de notre travail de modélisation est le développement de modèles simples, mais souvent avec hétérogénéité spatiale et comportements collectifs non triviaux, qui puissent être comparés à des données expérimentales. Il comporte une partie de production et analyses de données (analyse d’images par exemple) et une partie de construction de modèles et de confrontation avec les données. En retour, les modèles construits pour ces données stimulent des développements de la physique elle-même : en effet, la biologie offre, par son caractère intrinsèquement hors-équilibre, des problèmes originaux et intéressants pour la physique théorique, statistique ou des systèmes dynamiques.

Participants IMNC

Responsable
Mathilde Badoual : MCF, Université Paris Diderot, HDR

Membres permanents
Mathilde Badoual : MCF, Université Paris Diderot, HDR
Christophe Deroulers : MCF, Université Paris Diderot
Basile Grammaticos : DR2 CNRS, section 02, HDR
Alfred Ramani : DR2 CNRS, section 02, HDR
Emmanuel Mandonnet : chef de clinique des universités, praticien de recherche associé, hopital Lariboisière
Mathilde Badoual : MCF, Université Paris Diderot, HDR

Membres non permanents
Enzo Fabiani, doctorant, Université Paris Sud

Anciens membres
Gianluca Ascolani, post-doc CNRS (2010-2013), actuellement post-doc à Cambridge
Marine Aubert, doctorat en physique de l’université Paris Diderot-Paris 7, enseignante du second degré
Chloé Gerin, doctorat en physique de l’université Paris Diderot-Paris 7, en poste à l'ASN
Alain Laverne, enseignant-chercheur retraité

Financements

  • Comité de financement des théoriciens de l’IN2P3, 2008-2011
  • PEPS Physique théorique et ses interfaces (PTI), 2013

Affiliation

  • École doctorale Matière condensée et interfaces
  • GDR CellTiss (3070)
  • GDR STIC-Santé
  • Réseau d’étude des gliomes (REG)

Collaborations

Migration cellulaire
Equipe IBIV, laboratoire IMNC, Paris

Gliomes de bas grade
  • Johan Pallud, neurochirurgie, Hôpital Sainte-Anne, Paris
  • Pascale Varlet, anatomo-pathologie, Hôpital Sainte-Anne, Paris
  • Homa Adle-Biassette et Marc Polivka, anatomo-pathologie, Hôpital Lariboisière, Paris
  • Patricia de Cremoux, Hôpital Saint-Louis, Paris
  • Max Wintermark, Beatrix Lopes et Nick Tustison, Virginia University
  • Elsa Angelini, Telecom Paris Tech
  • Nicholas Ayache, INRIA, Sofia-Antipolis
Lames virtuelles
  • David Ameison, Hôpital Saint-Louis, Paris
  • Marc Lartaud et Alexandre Granier, plateforme Montpellier RIO Imaging
Systèmes dynamiques discrets et systèmes intégrables
  • Ralf Willox et T. Tokihiro, université de Tokyo
  • J. Satsuma, université d’Aoyama
  • K.M. Tamizhmani, université de Pondicherry
  • C.-M. Viallet, université Pierre et Marie Curie-Paris 6

Mots clés

Modélisation, systèmes biologiques, gliomes, physique statistique, systèmes dynamiques

Axes de recherche

  • Analyse et modélisation de données médicales dans le domaine du cancer
  • Analyse et modélisation de données biologiques dans le domaine du cancer
  • Physique statistique de systèmes biologiques
  • Modélisation d’autres systèmes biologiques
  • Étude des systèmes dynamiques (en particulier systèmes discrets intégrables)

Publications