Service informatique


Albertine DUBOIS : IR CNRS
Françoise LEFEBVRE : IR CNRS, responsable
Alexandre LIÈGE : IE CNRS

Missions

Le service a en charge :

  • la gestion, l’administration et la maintenance du parc informatique (poste de travail, serveurs de calcul et de stockage), du réseau, des moyens de communication ainsi que l’assistance aux utilisateurs
  • les développements en calcul scientifique avec
    • la mise à disposition des outils de simulation indispensables à la conception de nouveaux systèmes d’imagerie via la plateforme GATE
    • la conception et le développement des outils nécessaires à l’acquisition des images et des signaux durant les expérimentations biomédicales
    • la mise au point des méthodes et des outils d’analyse de ces données.

Réalisations achevées ou en cours

Simulation

La simulation Monte-Carlo permet de concevoir de nouveaux systèmes d’imagerie, d’optimiser leurs performances mais aussi de simuler avec une grande précision et ainsi de mieux comprendre les processus de physique sous-jacents. Dans ce contexte, le service informatique contribue activement aux développements de la plateforme logicielle dédiée à la simulation d’examens d’imagerie et de radiothérapie GATE dont les principaux serveurs sont hébergés au laboratoire.

Développement de logiciels d’acquisition et de traitement

La plupart des instruments conçus et mis au point au laboratoire nécessitent des développements logiciels pour l’interfaçage homme/machine, incluant le réglage des paramètres d’acquisition, la synchronisation des appareils, le stockage et le traitement des données en temps réel et le post-traitement.


















Interfaces homme-machine de
MAGICS, TRECAM et TRIOP


Analyse d’image

Les données acquises au laboratoire nécessitent des post-traitements faisant appel à différentes techniques d’analyse d’images :

 
Implantation de la sonde PIXSIC dans le cerveau du rat


Application des ondelettes au débruitage d’images IOSI du bulbe olfactif du rat

Compétences

Administration système et réseau

  • Gestion du parc hétérogène Windows, Linux, Mac
  • Gestion et administration du serveur de calcul (Condor) et du serveur de stockage
  • Virtualisation (proxmox)

Développement Web

  • SPIP, drupal

Développement logiciel

  • Langage C++, bibliothèques de classes Qt, ITK et VTK (environnement QTCreator)
  • svn, git

Logiciels

  • GATE
  • MeVislab

Analyse d’images

  • Traitement par ondelettes, contours actifs, analyse de texture, ...
  • Reconstruction d’image par réseau de neurones
  • Reconstruction 3D