Téléchargement

Si vous utilisez ces logiciels pour de la recherche scientifique, prière de citer :
Deroulers et al., Analyzing huge pathology images with open source software, Diagnostic Pathology 8:92 (2013).
Et/ou si vous trouvez ce(s) logiciel(s) utile(s), envoyez-nous un courriel ! Cela nous aidera à obtenir le soutien de nos tutelles pour poursuivre le travail de développement. Vous pouvez utiliser l'adresse suivante (enlever l'anti-spam): christophe.deroulers.nospam@univ-paris-diderot.fr.

Binaires précompilés :

Pour Windows 64 bits : tiffmakemosaic.exe tiffmakemosaic-j.exe tifffastcrop.exe tiffsplittiles.exe
Pour Windows 32 bits : tiffmakemosaic.exe tiffmakemosaic-j.exe tifffastcrop.exe tiffsplittiles.exe

Code source :

largetifftools-1.3.10.tar.bz2

LargeTIFFTools

English version

Introduction

LargeTIFFTools est un ensemble de logiciels qui peuvent aider à traiter les (très) gros fichiers TIFF, en particulier ceux qui sont trop gros pour tenir entiers dans la mémoire de votre ordinateur. Il se compose des programmes suivants :

Se procurer le logiciel

Ces logiciels sont open source, distribué selon les termes de la GNU General Public License v. 3.0. Ils utilisent notamment les bibliothèques libtiff et libjpeg ou libjpeg-turbo publiés gratuitement par leurs auteurs respectifs, que nous remercions.

Vous pouvez obtenir le logiciel par téléchargement (voyez les liens dans le cadre). Certaines versions précompilées sont disponibles. La version pour Windows 32 bits devrait fonctionner sous toutes les versions de Windows (XP, Vista, 7 ; 32 ou 64 bits) mais elle ne produit que des images qui nécessitent au plus environ 1 gigaoctet de méoire. La version 64 bits s'affranchit de cette limite.

Si vous installez les logiciels à partir du code source, vous aurez besoin que les bibliothèques suivantes soient installées : libtiff (nous recommandons une version >= 4.0.0) et libjpeg (et éventuellement d'autres bibliothèques que votre version de la libtiff utilise, par exemple zlib). Instructions sommaires pour l'installation à partir du code source : extraire avec tar xfj <file>, compiler et installer avec ./configure ; make ; make install.

Utilisation

Sous Windows, vous pouvez simplement faire glisser avec la souris un fichier TIFF (.tif) sur le fichier .exe ou l'icône du programme voulu. tiffmakemosaic.exe et tiffsplittiles.exe vont ouvrir le fichier et, si besoin est, le découper en de multiples fichiers TIFF (tout en laissant l'original intact). tiffmakemosaic-j.exe fait la mêee chose que tiffmakemosaic-j.exe, mais en stockant les images produites dans des fichies JPEG (l'option -j est codée en dur). Pour les options, veuillez consulter la documentation de chaque programme.

Sur toutes les plateformes (dont Windows, Linux, Mac OS X), vous pouvez aussi les utiliser en ligne de commande. Ouvrez un shell (par exemple l'invite de commandes, Terminal.app, xterm...) et lancez le programme en tapant son nom (précédé du chemin si nécessaire), une espace puis le chemin du fichier TIFF à traiter. Le(s) fichier(s) TIFF ou JPEG produit(s) seront placés dans le répertoire où se situe le fichier de départ.

Un usage typique est pour les images de lames en microscopie ou en anatomopathologie, comme celles que les NDPITools produisent.

Performances

En principe, découper des morceaux d'un grand fichier TIFF peut aussi être fait avec plusieurs autres outils, comme tiffcrop qui vient avec la libtiff, ImageMagick et GraphicsMagick (il faut tout de même commencer par calculer et donner explicitement les dimensions et positions des morceaux). Cependant, la plupart des logiciels commencent par ouvrir et décompacter l'image entière soit en mémoire, soit dans un énorme fichier temporaire sur le disque, ce qui les rend très lents, ou même souvent incapables d'accomplir le travail par manque de mémoire.

Au contraire, tiffmakemosaic et tiffsplittiles évitent d'ouvrir l'image tout entière, ce qui améliore la vitesse et garantit que le processus ira à son terme même sur les ordinateurs à la mémoire modeste. Par exemple, pour fabriquer une mosaïque de 64 fichiers JPEG qui nécessiteront moins de 512 Mib de mémoire pour être ouverts, à partir d'une image RVB de 103168x63232 pixels, sur un ordinateur avec 16 Gib de RAM et un processeur i5, tiffmakemosaic prend 2.5 minutes alors que GraphicsMagick prend 70 minutes.

Liste non exhaustive d'améliorations

Remerciements

Ces logiciels ont été développés par l'équipe de modélisation du Laboratoire IMNC près de Paris, dans le cadre d'un projet de recherche financé par les Instituts IN2P3 et INSB du CNRS et par les Universités Paris Diderot-Paris 7 et Paris Sud-11.

Contact : Christophe Deroulers

Linux, Mac OS X et Windows sont des marques déposés par leurs propriétaires respectifs.

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